Firma Trans-Nauta Sp. z o.o. rozpoczęła działalność w lipcu 1997 roku w wyniku restrukturyzacji Stoczni Remontowej Nauta S.A.

W pierwszej fazie rozwoju Spółki przedmiotem działalności firmy była obsługa innych podmiotów gospodarczych w zakresie transportu samochodowego.

W lipcu 2004 r. w wyniku dalszej restrukturyzacji Stoczni, rozszerzono działalność Trans-Nauty o zakres zaopatrzenia materiałowego oraz magazynowania, które to usługi były realizowana do tej pory przez służby stoczniowe.

Po roku działalności, firma rozwija swój zakres usług o dostawy części zapasowych we współpracy z kooperującą firmą do wielu armatorów w Europie i na świecie.

W tym samym czasie Trans-Nauta zajęła się organizacją prac związanych ze złomowaniem jednostek pływających oraz pozyskiwaniem i dalszą odsprzedażą zdemontowanych urządzeń z tych jednostek. Obecnie w bazie klientów Spółki znajduje się kilkaset firm związanych z branżą morską, firmy związane z przemysłem okrętowym oraz firmy realizujące zadania na rzecz gospodarki morskiej.

Od 2011 roku w firmie funkcjonuje Oddział Ratownictwa Technicznego przemianowany w listopadzie 2012 roku na Oddział Prewencji Przeciwpożarowej. W lutym 2013 roku przy Trans-Nauta powstała Zakładowa Ochotnicza Straż Pożarna realizująca pełen zakres usług przeciwpożarowych w takich firmach jak: SR Nauta, Gafako oraz PSSE oraz spółki zależne od SR Nauta.

W roku 2012 w ramach dalszej restrukturyzacji Stoczni Remontowej Nauta S.A. Spółka przejęła transport poziomy i pionowy (wózki akumulatorowe, dźwigi samojezdne o nośności 40÷50 t., wózki widłowe). Przejęto również brygadę transportową (operatorów sprzętu oraz robotników prac załadowczo-rozładowczych).